答：问题1：沪建市管[2010]29号文件的第9条规定，凡是发布之日前签订合同的工程建设项目，仍按原合同约定执行。所以你们的工程，虽然是2012年审计结算，仍应按原合同约定执行，不用修改。
问题2：外来从业人员综合保险费是在建设工程领取开工证的同时根据合同中约定的工期及施工承包方报的外来人员用工数（元/人X月）的数据收取的，并有收缴凭证，建设方应按收费凭证支付给承包施工方的。由于工期拖延，可能会由发证单位增加额度，可以按照收费凭证支付。（2012年4月1日起该项费用已经停止收取，收费项目撤销，改为按沪建市管[2112]74号文件规定执行，执行日期为2012年6月14起）。
建设工程施工费用表标准（#29文件），规费项目中未含这项费用，[表中的（5）×1.72%社会保障费]是指注册在本市的企业为企业中的工作人员缴纳的养老保险金、医疗保险金……]由社会保障局收缴的费用。
外来人员的综合保险费是缴纳在建设银行的专项费用，是用於民工在工地发生工伤时统筹使用的费用，应详见沪建之[2004]349号文规定。
